สโมสรฟุตบอล การท่าเรือ เอฟซี ถือว่าเป็นสโมสรที่ใช้หัวหน้าผู้ฝึกสอนมากที่สุด ตั้งแต่เปิดฤดูกาล ไทยพรีเมียร์ลีก 2015 ไล่เรียงตั้งแต่ สมชาย ชวยบุญชุม ที่เข้ามารับงานคุมทีม ตั้งแต่ก่อนเปิดฤดูกาล 2015 จากนั้นไม่นานก็เปลี่ยนแปลงทีม ด้วยการให้ ไพบูลย์ เลิศวิมลรัตน์ เข้ามารับช่วงต่อ ตามด้วย แกรี่ สตีเว่น จนมาถึง สมชาย ทรัพย์เพิ่ม ก่อนที่ล่าสุด จะประกาศลาออก เพื่อรับผิดชอบต่อผลงานที่ไม่เป็นไปตามเป้าที่สโมสรตั้งเป้าหมายไว้
ล่าสุด มาซาฮิโระ วาดะ หัวหน้าผู้ฝึกสอนชาวญี่ปุ่น ได้เข้ามาทำหน้าที่ หัวหน้าผู้ฝึกสอน ของสโมสร การท่าเรือ เอฟซี แทนที่สมชาย ทรัพย์เพิ่ม เรียบร้อยแล้ว โดยในวันพุธ 21 ตุลาคม 2558 ได้มีการลงสนามคุมทีมนักกีฬาฝึกซ้อมที่สนามแพท สเตเดี้ยม
สำหรับ หัวหน้าผู้ฝึกสอน ชาวญี่ปุ่น ประกาศลาออกจากหัวหน้าผู้ฝึกสอนของสโมสร เกียวโต ซังงะ เมื่อเดือนกรกฏาคม 2558 ที่ผ่านมา หลังจากผลงานไม่ดีนัก ในฟุตบอล เจลีก 2 ประเทศญี่ปุ่น
