แม้ว่าสโมสรฟุตบอล สุพรรณบุรี เอฟซี ทีมอันดับ 3 ไทยพรีเมียร์ลีก 2015 แต่กับไม่ได้สิทธิในการแข่งขันฟุตบอลรายการ เอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ ลีก 2016 รอบคัดเลือก เพราะที่ผ่านมา สุพรรณบุรี เอฟซี ยังไม่มี คลับ ไลเซนซิ่ง ตามมาตรฐานของ สมาพันธ์ฟุตบอลเอเชีย หรือ เอเอฟซี
โดย เอเอฟซี ได้แจ้งไปยัง ชลบุรี เอฟซี ทีมอันดับ 4 ไทยพรีเมียร์ลีก 2015 ว่าสโมสร ชลบุรี เอฟซี ได้สิทธิเข้าแข่งขัน รายการ เอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ ลีก 2016 แทนสุพรรณบุรี เอฟซี
ล่าสุด องอาจ ก่อสินค้า ประธานบริษัท ไทยพรีเมียร์ลีก จำกัด เปิดเผยว่า ขณะนี้ สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ได้ส่งหนังสืออุทธรณ์ ในกรณีของ สุพรรณบุรี เอฟซี ต่อเลขาธิการของ สมาพันธ์ฟุตบอลเอเชีย หรือ เอเอฟซี เรียบร้อยแล้ว
โดยประธาน ไทยพรีเมียร์ลีก กล่าวว่า สุพรรณบุรี เอฟซี ทีมอันดับ 3 ไทยพรีเมียร์ลีก 2015 แจ้งว่าสามารถปรับปรุงสนามให้ผ่านตามเกณฑ์ของเอเอฟซี ได้ทันตามกำหนด ทางสมาคมฟุตบอลฯ จังได้ทำการยื่นหนังสืออุทธรณ์ดังกล่าวไปยังเอเอฟซี แต่อย่างไรก็ตาม ก็ต้องขึ้นอยู่กับการตัดสินใจของ เอเอฟซี ว่าจะมีผลตัดสินออกมาเป็นอย่างไร