วันอาทิตย์ 13 มีนาคม 2559 ที่โรงแรม ดิ เอมเมอรัลด์ ถนนรัชดาภิเษก โดย ศุภสิน ลีลาฤทธิ์ อุปนายกฝ่ายจัดการแข่งขัน สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ร่วมกับ ชนินทร์ แก่นหิรัญ รองเลขาธิการฝ่ายกฎหมาย และ กรวีร์ ปริศนานันทกุล ประธานการแข่งขัน ดิวิชั่น 2 ร่วมกันจับสลาก ประกบคู่การแข่งขัน ฟุตบอลไทยลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 ทั้งนี้ มีรายชื่อ 4 สโมสรที่โดยประกาศตัดสิทธิไปก่อนหน้านี้ อยู่ในรายชื่อทีมเข้าแข่งขัน
สำหรับการแข่งขัน ไทยลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 จะเริ่มแข่งขันในวันเสาร์-อาทิตย์ 19-20 มีนาคม 2559 โดยใช้ระบบแข่งขัน แบบพบกันหมดเหย้าเยือน เพื่อหาแชมป์ และ รองแชมป์ ของแต่ละโซน รวมทั้งสิ้น 16 ทีม มาจับสลากประกบคู่ แข่งขันแบบน็อคเอาท์ เหย้า-เยือน (ใช้กฏอเวย์โกล) เพื่อหาทีม อันดับ 1-2-3 เลื่อนชั้นไปสู่ ไทยลีกดิวิชั่น 1 ต่อไป
ผลการจับสลาก ไทยลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 นัดเปิดสนาม ฤดูกาล 2016 (แข่งใหม่)
โซนภาคกลาง
ทีมเข้าแข่งขัน 11 ทีม
- พานทอง เอฟซี VS สิงห์บุรี บางระจัน เอฟซี
- อยุธยา เอฟซี VS สระบุรี ทีอาร์ยู เอฟซี
- นครสวรรค์ เอฟซี VS อยุธยา ยูไนเต็ด
- มาแชร์ ชัยภูมิ เอฟซี VS อยุธยา วอร์ริเออร์
- ปากน้ำโพธิ์ เอ็นเอสอาร์ยู VS อุทัยธานึ
พีทียู ปทุมธานี เอฟซี - ไม่ได้ลงแข่งนัดแรก
โซนตะวันออก
ทีมเข้าแข่งขัน 12 ทีม
- ปราจีนบุรี ยูไนเต็ด VS นครนายก เอฟซี
- จันทบุรี เอฟซี VS สายมิตรกบินทร์บุรี ยูไนเต็ด
- ตราด เอฟซี VS ฉะเชิงเทรา ไฮเทค
- สมุทรปราการ เอฟซี VS นาวิกโยธิน ยูเรก้า เอฟซี
- ทีเอ เบญจมราชูทิศ VS พัทยา ซิตี้
- สระแก้ว เอฟซี VS ปลวกแดง ระยอง เอฟซี
โซนภาคใต้
ทีมเข้าแข่งขัน 12 ทีม
- นรา ยูไนเต็ด VS ตรัง เอฟซี
- ปัตตานี เอฟซี VS นครศรี เฮอริเทจ
- สตูล ยูไนเต็ด VS ภูเก็ต เอฟซี
- หาดใหญ่ เอฟซี VS ยะลา ยูไนเต็ด
- พังงา เอฟซี VS พัทลุง เอฟซี
- ระนอง ยูไนเต็ด VS สุราษฎร์ธานี เอฟซี
โซน กรุงเทพฯ และปริมณฑล
ทีมเข้าแข่งขัน 11 ทีม
- บีซีซี เอฟซี VS ม.เกษตรศาสตร์
- รังสิต เอฟซี VS ม.รังสิต
- แอร์ฟอร์ซ โรบินสัน เอฟซี VS โดม เอฟซี
- จามจุรี ยูไนเต็ด VS ทหารบก เอฟซี
- แบงค็อก ยู เดฟโฟ เอฟซี VS เกร็กคู ลูกทัพฟ้า ปทุมธานี
ม.นอร์ทกรุงเทพ - ไม่ได้ลงแข่งนัดแรก
โซนกรุงเทพตะวันตก
ทีมเข้าแข่งขัน 10 ทีม
- สมุทรปราการ ยูไนเต็ด VS กบินทร์บุรี เอฟซี
- พัทยา เอฟซี VS ปทุมธานี ยูไนเต็ด
- ลูกอีสาน เอฟซี VS ม.เกษมบัณฑิต
- อินเตอร์ พัทยา VS บ้านบึง ยูไนเต็ด
- ราชประชา VS กองเรือ ยุทธการ
โซนภาคตะวันตก
ทีมเข้าแข่งขัน 12 ทีม
- ชุมพร เอฟซี VS ม.ราชพฤกษ์
- ธนบุรี ซิตี้ VS กรุงธนบุรี เอฟซี
- อัสสัมชัญ ยูไนเต็ด VS เมืองกาญจน์ ยูไนเต็ด
- วานา นาวา หัวหิน VS บีทียู ส.บุญมีฤทธิ์ ยูไนเต็ด
- นนทบุรี เอฟซี VS สมุทรสาคร เอฟซี
- สีหมอก เอฟซี VS สพล สมุทรสาคร**
*สพล สมุทรสาคร รอการตรวจสอบเอกสารภายในวันจันทร์นี้
โซนภาคตะวันออกเฉียงเหนือ
ทีมเข้าแข่งขัน 14 ทีม
- อุบลราชธานี เอฟซี พบ ร้อยเอ็ด ยูไนเต็ด
- ขอนแก่น เอฟซี VS ยโสธร เอฟซี
- มหาสารคาม เอฟซี VS นครพนม เอฟซี
- หนองคาย เอฟซี VS สุรินทร์ ซิติ้
- อำนาจ โปลี ยูไนเต็ด VS ศรีสะเกษ ยูไนเต็ด
- มุกดาหาร ลำโขง VS กาฬสินธุ์ เอฟซี
- อุดรธานี เอฟซี VS สกลนคร เมืองไทย เอฟซี
โซนภาคเหนือ
ทีมเข้าแข่งขัน 12 ทีม
- อุตรดิตถ์ เอฟซี VS แพร่ ยูไนเต็ด
- เพชรบูรณ์ เอฟซี VS หนองบัวลำภู พิชญ เอฟซี
- กำแพงเพชร เอฟซี VS ตาก ซิตี้
- เชียงรายซิตี้ VS น่าน เอฟซี
- ลำพูน วอร์ริเออร์ VS พิษณุโลก เอฟซี
- พะเยา เอฟซี VS เลย ซิตี้ อาร์แอร์ไลน์
