การแข่งขันฟุตบอล ไทยเอฟเอคัพ 2016 ในปีนี้ ประกอบด้วย ทีมจากไทยลีก 2016, ไทยลีก ดิวิชั่น 1, ไทยลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 และ ทีมจากระดับถ้วยพระราชทาน ข.ค และ ง
ไทยเอฟเอคัพ 2016 มีทีมสมัครเข้าร่วมการแข่งขันทั้งสิ้น 72 ทีม โดยเป็นทีมจาก ไทยลีก จำนวน 18 ทีม (ได้สิทธิบายในเพลย์ออฟ) ส่วนที่เหลืออีก 54 ทีม จะต้องจับสลาก ว่าจะได้ผ่านเข้ารอบแรก แบบอัตโนมัต (38 ทีม) หรือ ต้องแข่งขัน รอบเพลย์ออฟ (16 ทีม เพื่อคัดเลือกให้เหลือ 8 ทีม ผ่านเข้าสู่รอบต่อไป)
โดยวันพฤหัสบดี 28 เมษายน 2559 ที่โรงแรม ดิ เอมเมอรัลด์ รัชดา มีการจับสลากประกบคู่การแข่งขัน ไทยเอฟเอคัพ 2016 รอบเพลย์ออฟ ผลปรากฎว่า
ทีมที่ได้สิทธิ ผ่านเข้าสู่รอบแรก (รอบ 64 ทีม) แบบอัตโนมัติ ไม่รวมทีมจากไทยลีก 2016 ประกอบด้วย
- สิงห์บุรี บางระจัน เอฟซี
- บีซีซี เอฟซี
- พัทลุง เอฟซี
- เชียงใหม่ เอฟซี
- สีหมอก เอฟซี
- สมุทรปราการ เอฟซี
- การท่าเรือ เอฟซี
- บางกอก เอฟซี
- ประจวบ เอฟซี
- ปลวกแดง ระยอง ยูไนเต็ด
- อ่างทอง เอฟซี
- พานทอง เอฟซี
- ขอนแก่น ยูไนเต็ด
- อยุทธยา วอริเออร์
- ระยอง เอฟซี
- สุรินทร์ ซิติ้
- ทีเอ เบญจมราชูทิศ
- ภูเก็ต เอฟซี
- ไทยฮอนด้า
- เกษตรศาสตร์ เอฟซี
- ราชประชา
- พีทียู ปทุมธานี เอฟซี
- สงขลา ยูไนเต็ด
- สระแก้ว เอฟซี
- เมืองกาญจน์ ยูไนเต็ด
- กรุงธนบุรี เอฟซี
- ดราด เอฟซี
- สิงห์อุบล เอฟซี
- ขอนแก่น เอฟซี
- ม.เกษมบัณฑิต
- อัสสัมชัญ ยูไนเต็ด
- นนทบุรี เอฟซี
- นรา ยูไนเต็ด
- เลย ซิติ้ อาร์แอร์ไลน์ เอฟซี
- จันทบุรี เอฟซี
- สมาคมศิษย์เก่า ม.วงษ์ชวลิตกุล
- กระบี่ เอฟซี
- ฉะเชิงเทรา เอฟซี
ทีมที่ต้องแข่งขันเพลย์ออฟ 16 ทีม (เพื่อคัดเลือก 8 ทีม ผ่านเข้าสู่รอบแรก) ประกอบด้วย
- แอร์ฟอร์ซ เซ็นทรัล เอฟซี VS ปทุมธานี ยูไนเต็ด
- อุตรดิตถ์ เอฟซี VS หนองบัว พิชญ เอฟซี
- บีทียู ส.บุญมีฤทธิ์ VS อุบล ยูเอ็มที ยูไนเต็ด
- นครปฐม ยูไนเต็ด VS รังสิต เอฟซี
- ยโสธร เอฟซี VS สมุทรสงคราม อาร์แอร์ไลน์ เอฟซี
- บางพลับ ดอนทหารบก VS สมุทรสาคร เอฟซี
- พีทีที ระยอง VS อยุธยา ยูไนเต็ด
- กองเรือยุทธการ VS บ้านบึง ยูไนเต็ด
สำหรับการแข่งขัน ไทยเอฟเอคัพ 2016 รอบเพลย์ออฟ (ทั้งหมด 8 คู่) จะแข่งขันในวันพุธ 18 พฤษภาคม 2559
ทีมที่สามารถคว้าแชมป์ ไทยเอฟเอคัพ 2016 จะได้รับเงินรางวัล 5 ล้านบาท พร้อมได้สิทธิเข้าแข่งขันฟุตบอล รายการ เอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ ลีก รอบเพลย์ออฟ 2 ในฤดูกาลหน้า รวมถึง ได้สิทธิแข่งขัน ฟุตบอลนัดพิเศษก่อนเปิดฤดูกาล 2017 กับแชมป์ ไทยลีก 2016 อีกด้วย ส่วนทีมที่ได้อันดับ 2 จะได้รับเงินรางวัล 1 ล้านบาท
