เว็บไซต์ ไทยลีก (บริษัท พรีเมียร์ ลีก (ไทยแลนด์) จำกัด) เปิดเผยกำหนดการ ช่วงระยะเวลา เปิด-ปิด การขึ้นทะเบียนนักกีฬาฟุตบอล ในช่วงเลกที่สอง ประจำฤดูกาล 2016 ทั้งการโอนย้าย นักกีฬาไทย และ นักกีฬาฟุตบอล ที่ต้องโอนย้ายจากต่างประเทศ ผ่านระบบ FIFA TMS
พรีเมียร์ ลีก (ไทยแลนด์) กำหนดช่วงระหว่าง วันที่ 18 มิถุนายน 2559 ถึงวันที่ 15 กรกฏาคม 2559 โดยนักกีฬาฟุตบอล ที่ขึ้นทะเบียนในเลกที่ 2 ของฤดูกาล 2016 จะสามารถลงทำการแข่งขัน ได้นับตั้งแต่วันที่ 25 มิถุนายน 2559 เป็นต้นไป
ทั้งนี้ การแข่งขันนัดสุดท้ายของ เลกแรก ไทยลีก 2016 จะแข่งขันในวันพุธ 22 มิถุนายน 2559 และจะทำการแข่งขัน นัดแรก ของเลกที่สอง ในวันเสาร์-อาทิตย์ 25-26 มิถุนายน 2559 ต่อเนื่องในทันที โดยไม่มีพักเบรกครึ่งฤดูกาล