เมื่อวันพฤหัสบดี 21 กรกฎาคม 2559 ได้มีการจับสลากประกบคู่แข่งขัน ฟุตบอลรายการ ไทยเอฟเอคัพ 2016 รอบที่ 3 หรือ รอบ 16 ทีมสุดท้าย
โดย ไทยเอฟเอคัพ 2016 รอบ 3 มีทีมสโมสรจากการแข่งขัน ระดับไทยลีก 2016 จำนวน 11 ทีม ประกอบด้วย สุพรรณบุรี เอฟซี, เชียงราย ยูไนเต็ด, ศรีสะเกษ เอฟซี (รองแชมป์เก่า), ชลบุรี เอฟซี, ชัยนาท ฮอร์นบอล, อาร์มี่ ยูไนเต็ด, สุโขทัย เอฟซี, เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด, บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด (แชมป์เก่า), ราชบุรี มิตรผล เอฟซี และ นครราชสีมา มาสด้า เอฟซี
ทีมจากการแข่งขันระดับ ไทยลีกดิวิชั่น 1 จำนวน 4 ทีม ได้แก่ การท่าเรือ เอฟซี, ระยอง เอฟซี, ขอนแก่น ยูไนเต็ด และ ประจวบ เอฟซี รวมถึง ทีมจากระดับ ไทยลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 อีก 1 ทีม ได้แก่ นนทบุรี เอฟซี
ผลการจับสลากประกบคู่ ไทยเอฟเอคัพ 2016 รอบ 3 (รอบ 16 ทีมสุดท้าย)
- สุพรรณบุรี เอฟซี _VS_ เชียงราย ยูไนเต็ด
- การท่าเรือ เอฟซี _VS_ศรีสะเกษ เอฟซี
- ระยอง เอฟซี _VS_ ชลบุรี เอฟซี
- ชัยนาท ฮอร์นบิล _VS_ นนทบุรี เอฟซี
- ขอนแก่น ยูไนเต็ด _VS_ ประจวบ เอฟซี
- อาร์มี่ ยูไนเต็ด _VS_ สุโขทัย เอฟซี
- เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด _VS_ บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด
- ราชบุรี มิตรผล เอฟซี _VS_ นครราชสีมา มาสด้า เอฟซี
สำหรับการแข่งขัน ไทยเอฟเอคัพ 2016 รอบ 3 (รอบ 16 ทีมสุดท้าย) จะแข่งขัน ในวันพุธ 3 สิงหาคม 2559