สโมสรฟุตบอล ยาสูบ เอฟซี เป็นการแยกตัวอีกครั้ง หลังจากไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2014 ทีมยาสูบ ได้รวมกับทีมศุลกากร ใช้ชื่อว่า ยาสูบ-ศุลกากร เอฟซี
ต่อมาในฤดูกาล 2015 ทีมศุลกากร ได้แยกตัวออกไปทำทีมเข้าแข่งขันในลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 โดยทีม ยาสูบ-ศุลกากร เอฟซี เปลี่ยนชื่อเป็น ยาสูบ เอฟซี เพื่อทำการแข่งขันในไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2015 ต่อไป
ฤดูกาล 2016 สโมสรฟุตบอล ยาสูบ เอฟซี ได้ขอพัก ไม่ส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขัน
ยาสูบ-ศุลกากร เอฟซี
ในการแข่งขันไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2014 มีการรวมทีม ยาสูบ และ ศุลกากร เข้าร่วมแข่งขันในชื่อ ยาสูบ-ศุลกากร เอฟซ๊
ต่อมาในฤดูกาล 2015 มีการแยกทีมเกิดขึ้น โดยศุลกากร จะส่งทีมเข้าแข่งขันใน ลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 และ ยาสูบ เปลี่ยนชื่อสโมสรเป็น ยาสูบ เอฟซี ทำการแข่งขัน ไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2015 ต่อไป
โลโก้ สโมสรฟุตบอล ยาสูบ-ศุลกากร เอฟซี
