วันอาทิตย์ 21 กุมภาพันธ์ 2559 ที่โรงแรม ดิ เอมเมอรัล สมยศ พุ่มพันธุ์ม่วง นายกสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ จัดการประชุม ร่วมกับสโมสรที่เข้าแข่งขัน ไทยลีก และ ดิวิชั่น 1 เพื่อขอข้อสรุปในการแข่งขันประจำฤดูกาล 2016 หลังจากประกาศเลื่อนการแข่งขัน นัดเปิดฤดูกาลไปเป็นวันเสาร์ 5 กุมภาพันธ์ 2559
ภายหลังการประชุม สมยศ พุ่มพันธุ์ม่วง นายกสมาคมกีฬาฟุตบอลฯ เปิดเผยว่า สโมสร เพื่อนตำรวจ และ สระบุรี เอฟซี ยังคงมีปัญหาเรื่องการเงิน ทำให้ไม่ผ่านเกณฑ์ คลับไลเซนซิ่ง จึงไม่สามารถเข้าร่วมการแข่งขันในฤดูกาลนี้ ตามหลักเกณฑ์ที่วางไว้ว่าสโมสรที่จะขอเข้าแข่งขัน ต้องมีใบอนุญาต คลับไลเซนซิ่ง ทำให้การแข่งขันระดับลีกสูงสุด ยึดจำนวน 18 ทีมตามเดิมที่ประกาศไว้ก่อนหน้านี้
สำหรับลีกดิวิชั่น 1 นั้นจะลดทีมเข้าแข่งขันเหลือเพียง 17 ทีม เนื่องจาก บีบีซียู เอฟซี ได้สิทธิเลื่อนชั้น ขึ้นมาแทนสโมสร สระบุรี เอฟซี ขณะที่ พิจิตร เอฟซี ซึ่งได้สิทธิแข่งขัน ประกาศขอพักทีม 1 ฤดูกาล และอันดับรองลงมาได้แก่ อยุธยา เอฟซี และ ภูเก็ต เอฟซี ไม่ผ่านคลับไลเซนซิ่ง ไม่สามารถแข่งลีกดิวิชั่น 1 ต้องแข่งในลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 ต่อไป
รายชื่อ 18 สโมสร ไทยลีก ฤดูกาล 2016
- บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด
- เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด
- สุพรรณบุรี เอฟซี
- ชลบุรี เอฟซี
- แบงค็อก ยูไนเต็ด
- บางกอกกล๊าส เอฟซี
- ราชบุรี มิตรผล เอฟซี
- นครราชสีมา มาสด้า เอฟซี
- เชียงราย ยูไนเต็ด
- อาร์มี่ ยูไนเต็ด
- โอสถสภา เอ็ม-150
- ชัยนาท ฮอร์นบิล
- ศรีสะเกษ เอฟซี
- ราชนาวี
- บีอีซี เทโรศาสน
- พัทยา ยูไนเต็ด
- สุโขทัย เอฟซี
- บีบีซียู เอฟซี
* เมื่อจบฤดูกาล 3 อันดับสุดท้าย ตกชั้นไปแข่งขัน ไทยลีกดิวิชั่น 1
รายชื่อ 17 สโมสร ลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2016
- นครปฐม ยูไนเต็ด
- ไทยฮอนด้า
- พีทีที ระยอง
- ประจวบ เอฟซี
- แอร์ฟอร์ซ เซ็นทรัล เอฟซี
- อ่างทอง เอฟซี
- สงขลา ยูไนเต็ด
- สมุทรสงคราม อาร์แอร์ไลน์ เอฟซี
- กระบี่ เอฟซี
- บางกอก เอฟซี
- เชียงใหม่ เอฟซี
- การท่าเรือ เอฟซี
- ทีโอที เอสซี
- อุบล ยูเอ็มที ยูไนเต็ด
- ขอนแก่น ยูไนเต็ด
- ระยอง เอฟซี
- ลำปาง เอฟซี
** เมื่อจบฤดูกาล 3 อันดับแรก ได้เลื่อนชั้นไปแข่งขัย ไทยลีก และ 2 อันดับสุดท้าย ตกชั้น