หลังจากที่ สโมสรฟุตบอล นครพนม เอฟซี ส่งหนังสือทวงถามเงินสนับสนุนทีมในการส่งทีมเข้าแข่งขันจำนวน 850,000 บาท โดยกำหนดเงื่อนไข ให้ฝ่ายจัดการแข่งขันชำระภายในวันอังคาร 10 พฤษภาคม 2559 ไม่เช่นนั้นจะพิจารณาถอนทีมจากการแข่งขัน ไทยลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 ฤดูกาล 2016
ต่อมา ฝ่ายจัดการแข่งขัน ได้ทำหนังสือชี้แจงส่งถึง สโมสรฟุตบอล นครพนม เอฟซี อธิบายรายละเอียดของเงื่อนไข และระยะเวลาในการมอบเงินสนับสนุน ทีมสโมสร ที่เข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอล ไทยลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 ฤดูกาล 2016
ล่าสุด สโมสรฟุตบอล นครพนม เอฟซี ได้ส่งหนังสือชี้แจงเพิ่มเติมเกี่ยวกับเรื่องราวครั้งนี้ ถึงสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ โดยแจ้งว่าได้รับความชัดเจนในเรื่องเงินสนับสนุนทีม และทางคณะกรรมการสโมสร มีมติเห็นควรให้ร่วมแข่งขันฟุตบอล ไทยลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 ฤดูกาล 2016 ต่อไป