วันศุกร์ 10 มิถุนายน 2559 มีพิธีจับสลากประกบคู่การแข่งขัน ฟุตบอลรายการ ไทยลีกคัพ 2016 รอบที่สาม หลังจากล่าสุด ได้ 16 ทีม ผู้ชนะจากรอบที่สอง (32 ทีม) โดยเป็นทีมจาก ไทยลีก จำนวน 9 ทีม ไทยลีกดิวิชั่น 1 จำนวน 5 ทีม และ ไทยลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 อีก 2 ทีม (ตาก ซิตี้ และ ม.เกษตรศาสตร์)
ผลการจับสลาก โปรแกรมการแข่งขัน ไทยลีกคัพ 2016 รอบที่สาม (รอบ 16 ทีมสุดท้าย)
| วันที่ | เวลา | ทีม | ผลแข่ง | ทีม |
|---|---|---|---|---|
| 6 กรกฎาคม | 17.30 | ตาก ซิตี้ | 1-2 (เสมอในเวลา 1-1) | แบงค็อก ยูไนเต็ด |
| 6 กรกฎาคม | 18.00 | การท่าเรือ เอฟซี | 2-1 | บีอีซี เทโรศาสน |
| 6 กรกฎาคม | 18.00 | อุบล ยูเอ็มที ยูไนเต็ด | 1-2 | เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด |
| 6 กรกฎาคม | 18.00 | เกษตรศาสตร์ เอฟซี | 0-2 | บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด |
| 6 กรกฎาคม | 18.00 | ลำปาง เอฟซี | 3-0 | พัทยา ยูไนเต็ด |
| 6 กรกฎาคม | 18.00 | สงขลา ยูไนเต็ด | 2-1 | โอสถสภา เอ็ม-150 |
| 6 กรกฎาคม | 19.00 | ชลบุรี เอฟซี | 1-2 (เสมอในเวลา 1-1) | ศรีสะเกษ เอฟซี |
| 6 กรกฎาคม | 19.20 | กระบี่ เอฟซี | 3-1 | สุโขทัย เอฟซี |
* หมายเหตุ : คู่ระหว่าง กระบี่ เอฟซี vs สุโขทัย เอฟซี เปลี่ยนเวลาการแข่งขัน จาก 18.00 น. เป็น 19.20 น. เนื่องจากฝนตกหนัก
สำหรับกติกา การแข่งขัน ไทยลีกคัพ 2016 รอบที่สาม เมื่อจบการแข่งขัน 90 นาที หากไม่มีผู้ชนะ ให้ต่อเวลาพิเศษอีก 30 นาที และหากยังไม่สามารถเอาชนะได้ ต้องตัดสินด้วยการยิงประตูที่จุดโทษ
