วันศุกร์ 14 ตุลาคม 2559 แฟนเพจสโมสรฟุตบอล ชัยนาท ฮอร์นบิล เปิดเผยว่า เตรียมดำเนินการยื่นเรื่องอุทธรณ์ การตกชั้นอย่างไม่เป็นธรรม จากการยุติการแข่งขันฟุตบอล ไทยลีก 2016 ตามประกาศของสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ เพื่อถวายความอาลัย และสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณ ในพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช มหิตลาธิเบศรรามาธิบดี จักรีนฤบดินทร สยามินทราธิราช บรมนาถบิตร
อนุรุทธิ์ นาคาศัย รองประธานสโมสรฟุตบอล ชัยนาท ฮอร์นบิล ได้แสดงความเห็นว่า สโมสรเห็นด้วยอย่างยิ่ง และ เป็นการสมควรยิ่ง ที่จะให้มีการยุติการแข่งขันในปีนี้ แต่การตัดสินทีมตกชั้นแบบที่ได้รับทราบข่าวมานั้น สโมสรเห็นว่าไม่เป็นธรรมกับทั้งสโมสร ชัยนาท ฮอร์นบิล และ สโมสรอาร์มี่ ยูไนเต็ด น่าจะมีวิธีการอื่น เช่น ตกชั้นทีมเดียว คือ บีบีซียู เอฟซี ที่คะแนนตกชั้นแน่นอนแล้ว โดยให้การแข่งขัน ไทยลีก 2017 ในปีหน้า แข่งขัน 20 ทีม และตกชั้น 5 ทีม เพื่อให้ ไทยลีก 2018 เหลือทีมแข่งขัน 18 ทีมเช่นเดิม (ซึ่งทางออกลักษณะนี้ เคยมีการใช้แก้ปัญหาคล้ายกันมาแล้ว โดยผู้บริหารสมาคมชุดก่อน ในปี 2013)
และเนื่องจาก มติคณะรัฐมนตรี ประกาศให้วันศุกร์ 14 ตุลาคม 2559 เป็นวันหยุดราชการ สโมสรฟุตบอล ชัยนาท ฮอร์นบิล ได้เตรียมยื่นหนังสืออุทธรณ์ ต่อสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ในวันทำการถัดไป (วันจันทร์ 17 ตุลาคม 2559)