วันอังคาร 10 มกราคม 2560 หนังสือพิมพ์ มติชน รายวัน รายงานว่า พิสัณห์ จุลดิลก เลขาธิการ สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ เปิดเผยว่า ตามที่ศาลปกครองอุบลราชธานี ได้พิพากษาให้ สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ชดเชยค่าเสียหายแก่สโมสร อีสาน ยูไนเต็ด เป็นเงินกว่า 18 ล้านบาท และ คืนสิทธิการแข่งขันที่อยู่กับทีม ศรีสะเกษ เอฟซี ให้กับ อีสาน ยูไนเต็ด เมื่อวันที่ 29 ธันวาคม 2559 นั้น
ล่าสุด สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ได้เตรียมยื่นเรื่องอุทธรณ์ กรณีต้องจ่ายเงินชดเชยค่าเสียหาย 18 ล้านบาท ต่อศาลภายในกำหนดคือ 30 วัน หลังคำพิพาษศา ขณะที่ทีม ศรีสะเกษ เอฟซี ก็เตรียมยื่นอุทธรณ์ในส่วนของสิทธิในการทำทีมเช่นกัน
เลขาธิการ สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ กล่าวว่า ระยะเวลาในการยื่นอุทธรณ์ ทางสมาคมกีฬาฟุตบอลฯ และ ศรีสะเกษ เอฟซี มีเวลาถึงวันที่ 28 มกราคม 2560 ก่อนที่เรื่องดังกล่าวจะถูกส่งให้ ศาลปกครองสูงสุดเป็นผู้ตัดสินในเรื่องดังกล่าวและคาดว่าจะใช้ระยะเวลาพอสมควร ทำให้การแข่งขัน ไทยลีก ฤดูกาล 2017 จะยังคงเป็นสโมสร ศรีสะเกษ เอฟซี ได้สิทธิทำการแข่งขันเช่นเดิม
