วันจันทร์ 17 ตุลาคม 2559 ที่สโมสรตำรวจ สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ จัดประชุมนัดพิเศษ เรียกผู้เกี่ยวข้องทุกฝ่ายในการแข่งขัน ฟุตบอลไทยลีก 2016 ประกอบด้วยสภากรรมการ ตัวแทนสโมสรสมาชิก (ไทยลีก 18 ทีม) และผู้สนับสนุน เพื่อหาทางออกสำหรับการแข่งขันนัดที่เหลือ (3 นัด) ภายหลังจากที่ สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ได้เคยประกาศยุติการแข่งขันไปแล้ว เมื่อวันศุกร์ 14 ตุลาคม 2559 และ ประกาศหลักการจัดอันดับผลการแข่งขันภายในวันเดียวกัน
โดยหลังจากที่ สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ประกาศยุติการแข่งขัน สโมสร ชัยนาท ฮอร์นบิล และ อาร์มี่ ยูไนเต็ด ได้ส่งจดหมายถึง สมาคมกีฬาฟุตบอลฯ เพื่อให้พิจารณาประกาศดังกล่าวอีกครั้ง รวมทั้ง พลโท สรรเสริญ แก้วกำเนิด โฆษกประจำสำนักนายกรัฐมนตรี ออกมาให้สัมภาษณ์ว่า การแข่งขันฟุตบอล สามารถดำเนินการได้ตามโปรแกรมเดิม
อย่างไรก็ตาม ก่อนการประชุมนัดพิเศษ วันจันทร์ 17 ตุลาคม 2559 มีสโมสรสมาชิก 4 สโมสร ประกอบด้วย บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด, ซูปเปอร์ พาวเวอร์ สมุทรปราการ, สุพรรณบุรี เอฟซี และ เชียงราย ยูไนเต็ด สนับสนุนแนวทางการยุติการแข่งขัน ของสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ
ล่าสุด เว็บไซต์ goal รายงานว่า ภายหลังการประชุมเสร็จสิ้น สมยศ พุ่มพันธุ์ม่วง นายกสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ เปิดเผยว่า มติของ 18 ทีมในการแข่งขัน ไทยลีกส่วนใหญ่ 17 ทีม เห็นตรงกันว่าควรยุติการแข่งขันของฤดูกาล 2016 โดยมี 1 เสียงให้จัดการแข่งขันต่อ และ 9 สโมสร เห็นว่าให้คงจำนวนแข่งขันที่ 18 ทีมในฤดูกาลหน้า โดยมี 6 สโมสร อยากให้เพิ่มเป็น 20 ทีม และ อีก 3 สโมสร เห็นชอบตามมติสมาคม
และจากมติดังกล่าว ก็จะต้องยึดผลการแข่งขัน ตามประกาศของสมาคมกีฬาฟุตบอลฯ ฉบับที่ 040/2559 โดย อาร์มี่ ยูไนเต็ด และ ชัยนาท ฮอร์นบิล จะเป็น 2 ทีม ที่ตกชั้น ร่วมกับ บีบีซียู เอฟซี ที่ตกชั้นแน่นอนแล้ว และ ทีมเลื่อนชั้นจาก ไทยลีกดิวิชั่น 1 ประกอบด้วย ไทยฮอนด้า, อุบล ยูเอ็มที ยูไนเต็ด และ การท่าเรือ เอฟซี
ส่วนการแข่งขัน ไทยลีกคัพ 2016 นัดชิงชนะเลิศ ระหว่าง เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด และ บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด ตกลงจะครองแชมป์ร่วมกัน และจะตกลงแบ่งสิทธิในการไปแข่งขัน โตโยต้า พรีเมียร์คัพ และ แม่โข่ง คลับแชมเปี้ยนชิพ ต่อไป
ขณะที่ การแข่งขัน ไทยเอฟเอคัพ 2016 รอบรองชนะเลิศ 4 ทีม ให้ครองแชมป์ร่วมกัน ในส่วนของ ชลบุรี เอฟซี สละสิทธิในการจับสลากหาตัวแทนเข้าร่วมการแข่งขัน เอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ ลีก 2017 รอบเพลย์ออฟ โดยจะเป็นการจับสลาก ระหว่าง 3 ทีม ประกอบด้วย ชัยนาท ฮอร์นบิล, ราชบุรี มิตรผล เอฟซี และ สุโขทัย เอฟซี
และสุดท้าย การแข่งขัน ไทยลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 ให้ 4 ทีมที่ผ่านเข้าสู่รอบรองชนะเลิศ ได้แก่ ตราด เอฟซี, หนองบัว พิชญ เอฟซี, เกษตรศาสตร์ เอฟซี และ สุราษฎร์ธานี เอฟซี จับสลาก หา 3 สโมสร ที่ได้สิทธิเลื่อนชั้นสู่ ไทยลีกดิวิชั่น 1 ต่อไป
